实验室按照“开放，联合，流动，竞争，双赢”的运行管理机制，实验室建立健全规范的管理制度，建设宽松合理的科研环境，营造对外开放的长效机制，积极创造条件吸引国内外优秀科研人员，尤其加大国内外高水平学术带头人的引进，以及高水平中青年专业人才的引进力度，优化梯队结构，促进高水平人才的成长。

实验室设管理委员会和学术委员会，负责实验室的研究方向的确定和组织实施。实验室实行主任负责制，由清华大学提名，经主管单位批准，全权负责实验室的工作，任期为5年。学术委员会人选由主任提名，清华大学人员占1/3，外单位人员和港澳及国外人员占2/3。实验室日常工作由实验室主任负责。学术委员会专家为本实验室的重点研究方向规划，特别是面向国家重点需要的研究方向规划、人才梯队建设，提供了宝贵意见。

实验室的组织结构

实验室制订了《实验室规章》、《安全认证制度》、《公共设备管理制度》等规章制度，并编印成册。该手册是每一位实验室工作人员的行为规范，新进入实验室的工作人员，首先必须学习《管理手册》中的各项条款，并在工作中严格执行。实验室设立研究生助研岗位，聘请研究生加入实验室的日常管理工作中，一方面细化了各项管理工作，另一方面调动了研究生参与实验室制度建设的积极性。各项规章制度建设、学术道德规范，保障了实验室团结和谐、管理规范、运行高效，迄今没有发生不良的学术道德事件。